u9401066/pubmed-search-mcp · Archived

pubmed-paper-exploration

Deep exploration from a key paper using related, citing, reference, and citation tree tools. Triggers: 這篇論文的相關研究, 誰引用這篇, 類似文章, related articles, citation tree, paper exploration

First seen Jun 25, 2026

Installation

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License LICENSE
Default branch master
Open issues 2
Status Archived

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  • skill md SKILL.md 4,216 B
  • docs SUMMARY.md 245 B

History

  1. First seen on skills.sh
  2. First recorded snapshot · 2 installs

SKILL.md

論文深度探索

描述

這個 workflow 用在「已經有一篇關鍵論文」之後的深挖。你可以沿三個方向展開:相似文獻、這篇引用了誰、誰又引用了它,再進一步建立 citation tree 或研究時間軸。

觸發條件

  • 「這篇論文的相關研究」
  • 「誰引用這篇?」
  • 「這篇建立在誰的研究上?」
  • 「幫我畫這篇論文的 citation tree」
  • 已提供 PMID 或明確的種子論文標題

如果還沒有 PMID

先用 unified_search 找到種子論文:

unified_search(
    query="remimazolam randomized controlled trial",
    limit=5,
    ranking="quality"
)

拿到 PMID 後,再進入下面 workflow。


核心探索方向

工具 作用 方向
fetcharticledetails 取得文章完整資訊 當前論文
findrelatedarticles 找主題相近文章 橫向
getarticlereferences 找這篇引用了誰 往過去
findcitingarticles 找誰引用這篇 往未來
getcitationmetrics 看引用影響力 評估重要性
buildcitationtree 建立引用網路 視覺化
buildresearchchronicle 建立研究編年史 演化脈絡

最常用範例

1. 先拿文章細節

fetch_article_details(pmids="30217674")

2. 找相似文章

find_related_articles(pmid="30217674", limit=10)

3. 找這篇引用了誰

get_article_references(pmid="30217674", limit=30)

4. 找誰引用了這篇

find_citing_articles(pmid="30217674", limit=20)

5. 看哪幾篇最有影響力

get_citation_metrics(
    pmids="30217674,35678901,34567890",
    sort_by="relative_citation_ratio"
)

6. 直接建 citation tree

build_citation_tree(
    pmid="30217674",
    depth=2,
    direction="both",
    output_format="mermaid"
)

建議工作流程

情境:從一篇關鍵 RCT 往外展開

# Step 1: 當前論文
fetch_article_details(pmids="30217674")

# Step 2: 三個方向同時展開
find_related_articles(pmid="30217674", limit=10)
get_article_references(pmid="30217674", limit=20)
find_citing_articles(pmid="30217674", limit=20)

# Step 3: 對重要 PMIDs 做引用影響力排序
get_citation_metrics(
    pmids="35678901,34567890,33456789",
    sort_by="citation_count"
)

# Step 4: 視覺化引用網路
build_citation_tree(
    pmid="30217674",
    depth=2,
    direction="both",
    output_format="cytoscape"
)

如果想看時間演化

以單篇或一組 PMID 建編年史

build_research_chronicle(
    pmids="30217674,35678901,34567890",
    topic="Remimazolam Clinical Development",
    output="mermaid"
)

以主題建編年史

build_research_chronicle(
    topic="remimazolam",
    max_events=20,
    output="summary"
)

想深入讀內容時

全文

get_fulltext(source={"kind":"pmid","value":"30217674"}, extended_sources=True)

圖表

get_article_figures(source={"kind":"pmid","value":"30217674"})

實務判斷

找領域核心論文

優先看:

  • findrelatedarticlesfindcitingarticles 都常出現的文章
  • getcitationmetrics 中 RCR 或 citation count 高的文章
  • buildcitationtree 網路中心位置的節點

找最新進展

優先看:

  • findcitingarticles 的最近年份文章
  • buildresearchchronicle 中最近幾個 milestone

找基礎文獻

優先看:

  • getarticlereferences 回傳的早期高影響力論文

常見錯誤

  • fetcharticledetails 不等於引用網路工具;引用與被引用應分別使用 getarticlereferencesfindcitingarticles
  • buildcitationtree 一次只接受一個 PMID,不要一次傳多篇
  • 若沒有種子 PMID,先用 unified_search 找,不要直接猜