系統性文獻回顧

適用：新研究專案 | Introduction 前調查 | 系統性回顧 | PICO 臨床問題 不適用：快速查一篇 → 直接 unifiedsearch | 只需整理 → formatreferences

工具速查

pubmed-search MCP

asset-aware-mcp（全文解析）

mdpaper 儲存文獻

工作流

1. 環境準備 — project_action(action="current") + 讀 .memory/activeContext.md
2. 搜尋策略 — 一般主題：generatesearchqueries(topic) → PICO 問題：parsepico() → 並行 generatesearch_queries() 各元素
3. 並行搜尋 — 多組 unifiedsearch() 同時呼叫 → readsession(action="pmids") → PMID/DOI 去重
4. 評估擴展 — <20 篇 expandsearchqueries() | 引用網路 findciting/related/references | getcitationmetrics(sortby="relativecitationratio")
5. 篩選儲存 — 呈現清單（標題/年份/期刊/RCR）→ savereferencemcp(pmid)
6. 全文閱讀 ⭐ — 對每篇已儲存文獻：

a. analyzefulltextaccess(pmids) → 確認哪些有全文可取得 b. 有全文者：getfulltext(pmcid) 或下載 PDF → asset-aware ingestdocuments(filepaths) → getjobstatus() → inspectdocumentmanifest() → getsectioncontent(docid, "Methods") / getsectioncontent(docid, "Results") c. 無全文者：在 metadata.json 記錄 fulltextingested: false + 原因 d. 產出 references/fulltext-ingestion-status.md 彙總表 e. 原則：未讀全文的文獻，後續寫作僅能引用 abstract 結論，不可引用具體方法或數據

1. Subagent 分析 ⭐⭐ — 每篇論文由獨立 subagent 完成結構化分析（防止 context 汙染）：

a. getreferenceforanalysis(pmid) → 取得該文獻的結構化全文包（abstract + fulltext，≤30K char） b. runSubagent 啟動獨立 subagent，prompt 必須包含： - 步驟 a 的完整全文內容 - 分析任務：撰寫結構化摘要、評估方法學品質、列出關鍵發現與限制、判斷可用於文章 Introduction/Methods/Results/Discussion 哪些段落 - 指示 subagent 最後呼叫 savereferenceanalysis(pmid, summary, methodology, keyfindings, limitations, usagesections, relevancescore) c. Subagent 完成後：analysis.json 已寫入 reference 目錄，metadata 標記 analysiscompleted: true d. 原則：主 Agent 後續寫作只使用 analysissummary，不再重讀全文 e. Gate：所有引用的文獻必須通過分析（Pipeline Gate Phase 2.1 + Hook C10 強制檢查）

1. 匯出 — formatreferences() + prepareexport(format="ris")
2. 更新記憶 — 寫 .memory/activeContext.md（進度 + 關鍵文獻 + 全文閱讀狀態 + 分析狀態 + 觀察筆記）

決策點